Pagal Lietuvos geografinį suskirstymą didžioji parko dalis  priklauso Vakarų žemaičių plynaukštei. Parko teritorija driekiasi raiškia gilaus moreninio Vilkyškių kalvagūbrio ketera, apimdama  ir nuo Jūros upės žiočių  palei Ragainės vingį išsidriekusias užliejamas Nemuno slėnio pievas.

Šios vietos reljefas susiformavo maždaug prieš 14 tūkst. metų , kai paskutinio Lietuvos teritorijos apledėjimo metu ledo riba  buvo ties Rambynu. Tuomet iš ledyno pakraštyje besikaupiančių moreninių darinių ir tirpsmo vandenų sąnašų žemumoje susidarė kalvagūbris. Iš supustyto smėlio susidarė kauburiuotas ir gūbriuotas kopų reljefas. Banguotas paviršius driekiasi 35-28 m abs. aukštyje. Kalvagūbrio keteras daugiausia dengia miškai. Kalvagūbrio šlaitų augimvietes paįvairina  smėlio dangos apačioje besikaupiantis gruntinis vanduo, kuris duoda  pradžią mažyčiams parko upeliukams. Šie įteka į salpinį Merguvos  ežerą arba tiesiog į Nemuną. Nuo parko pietryčiuose esančios  Nemuno ir Jūros upių  santakos prasideda Nemuno žemupys bei kasmetinių pavasario potvynių zona. Nemuno slėnis parko ribose išplatėja iki 1,5 km. Formavimosi metu šis slėnis buvo 20 metrų gilesnis negu dabar. Per keliolika tūkstančių metų jis prisipildė aliuvinių sąnašų. Upės vaga, kadaise vingiavusi slėnio viduriu, suformavo sudėtingą salpos reljefą su daugeliu lomų ir iškilimų, su įvairios formos ežerais. Aukščiausias parko geografinis taškas 72,5 m,  žemiausias – 4,6 m virš jūros lygio.

Šie gamtinės aplinkos bruožai sąlygojo vietovės biologinę įvairovę, kuri nuo seno traukė tyrėjų dėmesį.